La Universidad de San Marcos es un ejemplar de un permanente proceso que comprende sus antecedentes, fundación y ratificación jurídicas. Su inauguración en la Sala Capitular del Convento del Rosario de la Orden de Santo Domingo, acto oficial con el que empieza la vida universitaria del Perú y de América. Al producirse la invasión hispánica, asegura el cronista mercedario Calancha cómo Pizarro, tanto en Jauja cuanto en Lima, escogió el lugar para edificar la futura Universidad, iniciativa no concretada de inmediato. Sin embargo, el punto de partida básico está dado por la urgente necesidad civil de preparar a los religiosos en teología y filosofía, evitando de esta manera interpretaciones heterodoxas por ignorancia o subjetividad.
La Universidad se inauguró el día dos de
enero de 1553, en la Sala Capitular del Convento del Rosario de la orden de los
dominicos, con la concurrencia de la Real Audiencia Gobernadora, presidida por
el Licenciado Andrés Cianca.
El primer rector de la novísima Universidad
fue el Prior dominico fray Juan Bautista de la Roca, gobierno que según
costumbre de la orden duraba un trienio. En este lapso fueron ingresando
frailes de otras Órdenes, clérigos y laicos de profesiones distintas,
particularmente juristas y médicos y maestros en Artes. Empieza entonces a
predominar un punto de vista distinto del sostenido por los dominicos, hecho
que a la postre determinaría desacuerdos y la primera reforma universitaria,
eligiéndose a un Rector laico.
Es decir que durante el lapso en que San Marcos fue Universidad Real estuvo dirigida por los frailes dominicos, en cambio, al transformarse en Universidad Real y Pontificia, se laicizó y quedó sometida de manera plena a la autoridad del Rey.
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